A new perspective on microRNA-guided gene regulation specificity, and its potential generalization to transcription factors and RNA-binding proteins.
Seitz H
Impact systémique des petits ARN régulateurs
Génétique, biologie cellulaire et développement
Les microARN (« miARN ») sont de petits régulateurs post-transcriptionnels. La fonction de ces petits ARN chez les Animaux a été bien caractérisée au niveau moléculaire, mais leur rôle est moins bien connu à l'échelle macroscopique : comment les miARN pourraient-ils avoir une fonction biologique, s'ils répriment la plupart de leurs cibles d'un facteur inférieur à 2 (alors que les fluctuations d'expression des gènes entre individus excèdent typiquement un facteur 2, et qu'elles sont tamponnées par les mécanismes d'homéostasie) ?
D'après le dogme actuel, chaque miARN régule des dizaines ou des centaines de cibles, mais plusieurs observations suggèrent que les miARN ont un impact beaucoup plus modeste sur la biologie animale. Nos travaux récents suggèrent également qu'à la fois les méthodes expérimentales et bio-informatiques pour l'identification des cibles de miARN sont lourdement contaminées par des faux positifs : ces faux positifs peuvent être réellement réprimés par les miARN à l'échelle moléculaire, mais une répression aussi faible ne parvient pas à déclencher un phénotype macroscopique pour la plupart des gènes.
Notre travail suggère donc que le rôle biologique des miARN a été largement surestimé. Nous explorons à présent les conséquences pratiques de ce nouveau cadre théorique, en mesurant la contribution d'interactions individuelles entre miARN et cibles, sur des phénotypes globaux in vivo.
Plus généralement, nous proposons une nouvelle vision de la régulation des gènes : une cible régulatrice n'est pas simplement un gène qui est affecté par une voie régulatrice ; c'est un gène qui est affecté suffisamment par la voie régulatrice – l'amplitude de la régulation mesurée doit être confrontée à la robustesse des systèmes biologiques face aux fluctuations.
Pour contacter par email un membre de l'équipe : nos adresses mail sont de la forme prenom.nom[at]igh.cnrs.fr (sans accent)
Contacter le chef d'équipe (Hervé Seitz) par email : herve.seitz[at]igh.cnrs.fr
Publications de l'équipe
Evaluation of microRNA variant maturation prior to genome edition.
Busseau I, Mockly S, Houbron É, Somaï H, Seitz H
Biochemistry-informed design selects potent siRNAs against SARS-CoV-2.
Houbron É, Mockly S, Rafasse S, Gros N, Muriaux D, Seitz H
Synthetic miR-34a against solid tumours: a predictable failure.
Mockly S, Seitz H
A rationalized definition of general tumor suppressor microRNAs excludes miR-34a
Sophie Mockly, Élisabeth Houbron, Hervé Seitz
Re-assessment of the involvement of Snord115 in the serotonin 2C receptor pathway in a genetically relevant mouse model.
Hebras J, Marty V, Personnaz J, Mercier P, Krogh N, Nielsen H, Aguirrebengoa M, Seitz H, Pradere JP, Guiard BP, Cavaille J
SETX (senataxin), the helicase mutated in AOA2 and ALS4, functions in autophagy regulation
Patricia Richard, Shuang Feng, Yueh-Lin Tsai, Wencheng Li, Paola Rinchetti, Ubayed Muhith, Juan Irizarry-Cole, Katharine Stolz, Lionel A Sanz, Stella Hartono, Mainul Hoque, Saba Tadesse, Hervé Seitz, Francesco Lotti, Michio Hirano, Frédéric Chédin, Bin Tian, James L Manley
Prospects and challenges of multi-omics data integration in toxicology.
Canzler S, Schor J, Busch W, Schubert K, Rolle-Kampczyk UE, Seitz H, Kamp H, von Bergen M, Buesen R, Hackermüller J
+
Impact systémique des petits ARN régulateurs
Prospects and challenges of multi-omics data integration in toxicology.
Canzler S, Schor J, Busch W, Schubert K, Rolle-Kampczyk UE, Seitz H, Kamp H, von Bergen M, Buesen R, Hackermüller J
+
Impact systémique des petits ARN régulateurs
Inconsistencies and Limitations of Current MicroRNA Target Identification Methods.
Mockly S, Seitz H
Editorial: miRNA Regulatory Pathways in Metazoans. Advances From in vivo and ex vivo Studies.
Amar L, Seitz H
On the number of functional microRNA targets.
Seitz H
Functional lability of RNA-dependent RNA polymerases in animals.
Pinzón N, Bertrand S, Subirana L, Busseau I, Escrivá H, Seitz H
Amphioxus functional genomics and the origins of vertebrate gene regulation.
Marlétaz F, Firbas PN, Maeso I, Tena JJ, Bogdanovic O, Perry M, Wyatt CDR, de la Calle-Mustienes E, Bertrand S, Burguera D, Acemel RD, van Heeringen SJ, Naranjo S, Herrera-Ubeda C, Skvortsova K, Jimenez-Gancedo S, Aldea D, Marquez Y, Buono L, Kozmikova I, Permanyer J, Louis A, Albuixech-Crespo B, Le Petillon Y, Leon A, Subirana L, Balwierz PJ, Duckett PE, Farahani E, Aury JM, Mangenot S, Wincker P, Albalat R, Benito-Gutiérrez È, Cañestro C, Castro F, D'Aniello S, Ferrier DEK, Huang S, Laudet V, Marais GAB, Pontarotti P, Schubert M, Seitz H, Somorjai I, Takahashi T, Mirabeau O, Xu A, Yu JK, Carninci P, Martinez-Morales JR, Crollius HR, Kozmik Z, Weirauch MT, Garcia-Fernàndez J, Lister R, Lenhard B, Holland PWH, Escriva H, Gómez-Skarmeta JL, Irimia M
Applying 'omics technologies in chemicals risk assessment: Report of an ECETOC workshop.
Buesen R, Chorley BN, da Silva Lima B, Daston G, Deferme L, Ebbels T, Gant TW, Goetz A, Greally J, Gribaldo L, Hackermüller J, Hubesch B, Jennen D, Johnson K, Kanno J, Kauffmann HM, Laffont M, McMullen P, Meehan R, Pemberton M, Perdichizzi S, Piersma AH, Sauer UG, Schmidt K, Seitz H, Sumida K, Tollefsen KE, Tong W, Tralau T, van Ravenzwaay B, Weber RJM, Worth A, Yauk C, Poole A
The gastrula transition reorganizes replication origin selection in Caenorhabditis elegans
Rodríguez-Martínez, M., Pinzón, N., Ghommidh, C., Beyne, E., Seitz, H., Cayrou, C., Méchali, M.
+
Réplication et Dynamique du Génome
Issues in current microRNA target identification methods
Seitz H
microRNA target prediction programs predict many false positives
Pinzon, N., Li, B., Martinez, L., Sergeeva, A., Presumey, J., Apparailly, F., Seitz, H
Argonaute proteins regulate HIV-1 multiply spliced RNA and viral production in a Dicer independent manner
Eckenfelder A, Ségéral E, Pinzón N, Ulveling D, Amadori C, Charpentier M, Nidelet S, Concordet JP, Zagury JF, Paillart JC, Berlioz-Torrent C, Seitz H, Emiliani S, Gallois-Montbrun S.
Advancing the use of noncoding RNA in regulatory toxicology: Report of an ECETOC workshop
Aigner A, Buesen R, Gant T, Gooderham N, Greim H, Hackermüller J, Hubesch B, Laffont M, Marczylo E, Meister G, Petrick JS, Rasoulpour RJ, Sauer UG, Schmidt K, Seitz H, Slack F, Sukata T, van der Vies SM, Verhaert J, Witwer KW, Poole A
Coding and non-coding variants in the SHOX2 gene in patients with early-onset atrial fibrillation
Hoffmann S, Clauss S, Berger IM, Weiß B, Montalbano A, Röth R, Bucher M, Klier I, Wakili R, Seitz H, Schulze-Bahr E, Katus HA, Flachsbart F, Nebel A, Guenther SP, Bagaev E, Rottbauer W, Kääb S, Just S, Rappold GA.
Silencing of X-Linked MicroRNAs by Meiotic Sex Chromosome Inactivation
Royo H, Seitz H, ElInati E, Peters AH, Stadler MB, Turner JM
microRNAs and the evolution of complex multicellularity: identification of a large, diverse complement of microRNAs in the brown alga Ectocarpus
Tarver JE, Cormier A, Pinzón N, Taylor RS, Carré W, Strittmatter M, Seitz H, Coelho SM, Cock JM
Insect small non-coding RNA involved in epigenetic regulations
Chambeyron, S., Seitz, H.
+
ARN non codants, épigénétique et stabilité génomique
Cnidarian microRNAs frequently regulate targets by cleavage
Moran, Y., Fredman, D., Praher, D., Li Z. L., Meng Wee,L., Rentzsch, F., Zamore,P.D., Technau, U., Seitz H.
Quantitative aspects of RNA silencing in metazoans
Sergeeva, A., Restrepo, N.P., and Seitz, H.
A 5´-uridine amplifies miRNA/miRNA* asymmetry in Drosophila by promoting RNA-induced silencing complex formation
Seitz H, Tushir JS, Zamore PD
Recognition of the pre-miRNA structure by Drosophila Dicer-1
Tsutsumi A, Kawamata T, Izumi N, Seitz H, Tomari Y
Thèses et hdr
Régulation réciproque entre les microARN et leurs cibles 08/12/2021
Soutenue par Sophie Mockly le 08/12/2021 sous la direction de Hervé Seitz
École thématique InteRNAt
Session 2021 de l’école thématique InteRNAt (du 2 au 6 novembre 2021, à Sète) :
Site web de l’événement : https://internat21.sciencesconf.org/
Session 2019 de l’école thématique InteRNAt (du 6 au 10 octobre 2019, à Sète) :
Site web de l’événement : https://internat.sciencesconf.org
Contenu, en langue française, des cours introductifs donnés pendant la première demi-journée de l’école thématique (introduction sur le RNAi, sur les microARN, et sur la biochimie du complexe RISC ; exercices d’application) : en téléchargement libre ici.
Collaborateurs
| Collaborateur | But de la collaboration | Publications communes |
|---|---|---|
| Dr. Yukihide TOMARI (université de Tõkyõ) Site web |
Analyse des déterminants structuraux de la biogenèse des microARN | Kawamata et al. (2009) Pubmed Tsutsumi et al. (2011) Pubmed |
| Dr. Ulrich TECHNAU (université de Vienne) Site web |
Analyse fonctionnelle des petits ARN régulateurs chez Nematostella vectensis | Moran et al. (2014) Pubmed |
| Dr. Fabian RENTZSCH (SARS Center) Site web |
Analyse fonctionnelle des petits ARN régulateurs chez Nematostella vectensis | Moran et al. (2014) Pubmed |
| Prof. Phillip D. ZAMORE (école de médecine de l'université du Massachusetts) Site web |
Analyse fonctionnelle des petits ARN régulateurs chez Nematostella vectensis | Moran et al. (2014) Pubmed |
| Dr. James TURNER (Crick Institute, Londres) Site web |
Analyse de l'expression des microARN soumis à un contrôle épigénétique chez les Mammifères | Royo et al. (2015) Pubmed |
| Dr. Denis TAGU (INRA Rennes) Site web |
Caractérisation des petits ARN régulateurs chez le Puceron | |
| Dr. Florence APPARAILLY (IRMB, Montpellier) Site web |
Mesure de la fluctuation inter-individu de l'expression génétique dans les neutrophiles | Pinzón et al. (2017) Pubmed |
| Dr. Marcel MÉCHALI (IGH, Montpellier) Site web |
Identification des origines de réplication du développement précoce du Nématode et caractérisation épigénétique | Rodríguez-Martínez et al. (2017) Pubmed |
| Dr. Mark COCK (UMR 8227, Roscoff) Site web |
Identification des microARN de l'Algue brune Ectocarpus silicosus | Tarver et al. (2015) Pubmed |
| Prof. Gudrun RAPPOLD (UniversitätKlinikum, Heidelberg) Site web |
Identification d'un site de reconnaissance de microARN spécifique de patients atteints de fibrillation atriale | Hoffmann et al. (2016) Pubmed |
| Dr. Hector ESCRIVA (Observatoire océanologique de Banyuls) Site web |
Caractérisation des petits ARN chez le Céphalochordé Branchiostoma lanceolatum |
Marlétaz et al. (2018) Pubmed Pinzón et al. (2019) Pubmed |
| Dr. Sarah GALLOIS-MONTBRUN (Institut Cochin, Paris) Site web |
Identification des sites d'interaction d'Ago2 sur l'ARN viral VIH-1 | Eckenfelder et al. (2017) Pubmed |
| Dr. James Manley (Columbia university, New York, États-Unis) Site web |
Caractérisation des conséquences moléculaires de la répression de SETX dans des cellules humaines | Richard et al. (2020) Pubmed |
| Dr. Jérôme Cavaillé (CBI, Toulouse) Site web |
Évaluation des conséquences moléculaires et physiologiques de la délétion de l’ARN SNORD115 | Hebras et al. (2020) Pubmed |
Diapositives séminaires en conférence publique
- 18 octobre 2024 à l'EMBO Symposium "The complex life of RNA" (Heidelberg, Allemagne) : diaporama de 10 minutes (conférencier : Hervé Seitz)
- 29 juin 2024 à la "Zamore lab 25th anniversary reunion" (Worcester, MA, USA) : diaporama de 20 minutes (conférencier : Hervé Seitz)
- 6 mai 2024 au Mini-symposium "Small regulatory RNAs" au LBMC (Lyon,France) : diaporama de 45 minutes (conférencier : Hervé Seitz)
- 1er février 2024 aux Montpellier Omics Days (Montpellier, France) : diaporama de 45 minutes (conférencier : Hervé Seitz)
- 1er décembre 2023 à l'Université du Tiers Temps (Montpellier, France) : diaporama de 50 minutes (conférencier : Hervé Seitz)
- 16 et 17 novembre 2023 pour les étudiants de la Beirut Arab University (Beyrouth, Liban) : 3 diaporamas d'1h30 chacun (1ère partie ; 2ème partie ; 3ème partie) (conférencier : Hervé Seitz)
- 15 novembre 2023 pour l'association « Rando Loisirs Culture » de Grabels : diaporama d'1h30 (conférencier : Hervé Seitz)
- 3 octobre 2023 pour les étudiants de Master 2 d'écologie à l'université de Montpellier : diaporama de 3h (conférencier : Hervé Seitz)
- 14 juin 2023 au meeting du GDR RNA : diaporama de 25 minutes (conférencier : Hervé Seitz)
- 13 juin 2023 au congrès RNAOcc : diaporama de 15 minutes (conférencier : Hervé Seitz)
- 17 mai 2023 pour les 10 ans de Génopolys : diaporama d'1 h (conférencier : Hervé Seitz)
- 12 mai 2023 pour l'atelier de l'Axe « ARN et cancer » du CRCT : diaporama de 30 minutes (conférencier : Hervé Seitz)
- 9 mars 2023 pour le Minisymposium on Small regulatory RNAs: from biogenesis to function : diaporama de 30 minutes (conférencier : Hervé Seitz)
- 8 décembre 2022 pour le Cambridge RNA Club : diaporama de 25 min (conférencier : Hervé Seitz)
- 28 novembre 2022 pour l'association « Lattes université pour tous » : diaporama de 2h (conférencier : Hervé Seitz)
- 10 novembre 2022 pour le colloque « Bio-informatique en toxicologie » à l'INRS de Nancy : diaporama d'1h (conférencier : Hervé Seitz)
- 28 octobre 2022 pour le colloque "Scientific Research: Emerging Concepts and Ethical Challenges" du Conseil National de la Recherche Scientifique du Liban et de l'IGH : diaporama de 45 minutes (conférencier : Hervé Seitz)
- 12 octobre 2022 pour l'association « Luz'Arts » de St-Georges-de-Luzençon diaporama de 30 minutes (conférencier : Hervé Seitz)
- 13 avril 2022 pour l'association « Rando Loisirs Culture » de Grabels : diaporama de 2h (conférencier : Hervé Seitz)
- 16 mars 2022 pour l'association « Lattes université pour tous » : diaporama d'1h (conférencier : Hervé Seitz)
- 25 janvier 2022 pour le collège doctoral de l'université de Montpellier : diaporama de 30 minutes (conférencier : Hervé Seitz)
- 8 novembre 2021 pour le Small RNA Bioinformatics club : diaporama de 30 minutes (conférencier : Hervé Seitz) ; enregistrement vidéo disponible : lien.
- 8 novembre 2021 pour le Small RNA Bioinformatics club : diaporama de 8 minutes (conférencière : Sophie Mockly) ; enregistrement vidéo disponible : lien.
- 5 octobre 2021 pour les étudiants de Master 2 d'écologie à l'université de Montpellier : diaporama de 3h (conférencier : Hervé Seitz)
- 21 avril 2021 pour le Cancéropôle Grand Sud-Ouest (Axe 2) : diaporama de 25 minutes (conférencier : Hervé Seitz)
- 13 mars 2021 pour l'association « Cercle zététique du Languedoc-Roussillon » (Montpellier, France) : diaporama de 2h (conférencier : Hervé Seitz)
Enregistrements vidéos disponible : conférence ; questions/réponses avec l'assistance. - 2 février 2021 au Centre de recherches en cancérologie de Toulouse : diaporama de 50 minutes (conférencier : Hervé Seitz)
- 28 septembre 2020 pour les étudiants de Master 2 d'écologie à l'université de Montpellier : diaporama de 4h30 (conférencier : Hervé Seitz)
- 28 novembre 2019 au colloque Santé et droit de choisir (Clermont-Ferrand, France) : diaporama de 30 minutes (conférencier : Hervé Seitz)
- 17 octobre 2019 pour le Visiatome (Marcoule, France) : diaporama d'une heure (conférencier : H. Seitz)
- 15 mai 2019 pour l'association « Rando, Loisirs, Culture » (Grabels, France) : diaporama de 2h (conférencier : Hervé Seitz)
- 10 avril 2019 pour les étudiants de M1 de l'université de Montpellier : diaporama de 15 minutes (conférencier : Hervé Seitz)
- 23 janvier 2019 à l'Université du Tiers Temps (Montpellier, France) : diaporama de 50 minutes (conférencier : Hervé Seitz)
- 16 janvier 2019 à l'Université du Tiers Temps (Montpellier, France) : diaporama de 50 minutes (conférencier : Hervé Seitz)
- 23 novembre 2018 au Young Life Scientist meeting (Montpellier, France) : diaporama de 15 minutes (conférencier : Hervé Seitz)
- 21 novembre 2018 aux Journées Cancéropôle Grand Sud-Ouest (la Grande-Motte, France) : diaporama de 15 minutes (conférencier : H. Seitz)
- 7 novembre 2018 au 11ème congrès SifrARN (Nancy, France) : diaporama de 25 minutes (conférencier : H. Seitz)
- 19 octobre 2018 au colloque Artificial intelligence in biology and health (Montpellier, France) : diaporama de 30 minutes (conférencier : H. Seitz)
- 25 avril 2018 au Café des sciences d'Avignon : diaporama de 15 minutes (conférencier : H. Seitz)
- 13 mars 2018 au colloque Quelles limites pour les technosciences en santé ? (Clermont-Ferrand, France) : diaporama de 30 minutes (conférencier : H. Seitz).
- 8 février 2018 à l'International course on Non-coding genome de l'Institut Curie (Paris, France) : diaporama d'une heure (conférencier : H. Seitz).
- 16 mai 2017 au Colloque inter-LabEx CRISPR-Cas9 (Montpellier, France) : diaporama de 15 minutes (conférencier : H. Seitz).
- 20 février 2017 pour l'Université du Tiers Temps (Montpellier, France) : diaporama d'1 h (conférencière : Isabelle Busseau)
- 27 juin 2016 au Tõkyõ ncRNA symposium "Clues to non-coding RNA taxonomy" (Tõkyõ, Japon) : diaporama de 15 minutes (conférencier : H. Seitz).
- 3 mars 2016 à l'ECETOC Workshop "ncRNAs and Risk Assessment Scienc" (Málaga, Espagne) : diaporama de 15 minutes (conférencier : H. Seitz).
- 12 février 2016 au SMPGD (Statistical methods for post genomic data) annual workshop (Lille, France) : diaporama de 45 minutes (conférencier : H. Seitz).
- 25 janvier 2016 au Keystone Symposium "Small RNA Silencing: Little Guides, Big Biology (A6)" (Keystone, É.-U.) : diaporama de 12 minutes (conférencière : N. Pinzón).
- 15 janvier 2016 pour le Centre d'éthique contemporaine de Montpellier : diaporama d'1 h (conférencière : Isabelle Busseau)
- 4 juin 2015 à l'ESPE Science School "Non-coding RNAs in paediatric endocrinology" (Annecy, France) : diaporama de 30 minutes (conférencier : H. Seitz).
- 9 juin 2014 au Taiwan-France mini-symposium on regulatory RNAs (Taipei, Taïwan) : diaporama de 40 minutes (conférencier : H. Seitz).
- 27 février 2014 pour les étudiants de L2 de philosophie à l'université Montpellier III : diaporama d'1 h (conférencière : Isabelle Busseau)
- 2 février 2014 au Keystone Symposium "RNA silencing (A9)" (Seattle, É.-U.) : diaporama de 12 minutes (conférencier : H. Seitz).
- 26 novembre 2013 au Symposium Statistical analysis of RNA-seq data: advances and challenges de l'Institut Pasteur (Paris, France) : diaporama de 45 minutes (conférencier : H. Seitz).
- 22 mars 2013 au Keystone Symposium "RNA silencing (C7)" (Whistler, Canada) : diaporama de 12 minutes (conférencier : H. Seitz).
- 11 décembre 2012 à l'International course on Non-coding genome de l'Institut Curie (Paris, France) : diaporama d'une heure (conférencier : H. Seitz).
- 13 octobre 2012 à la conférence BTCure miRNA workshop (Montpellier, France) : diaporama de 30 minutes (conférencier : H. Seitz).
- 12 septembre 2012 à la conférence Annual French conference on Drosophila (Clermont-Ferrand, France) : diaporama de 30 minutes (conférencier : H. Seitz).
- 30 août 2012 au Cold Spring Harbor Laboratory Meeting "Regulatory and Non-coding RNAs" (Cold Spring Harbor, É.-U.) : diaporama de 15 minutes (conférencière : Natalia Pinzón).
- 24 avril 2012 à la conférence Schlumberger Foundation conference "Small Silencing RNA Biology and Mechanism" (Tourtour, France) : diaporama d'une heure (conférencier : H. Seitz).
- 15 juin 2011 au Sixteenth annual meeting of the RNA society (Kyōto, Japon) : diaporama de 12 minutes (conférencier : H. Seitz).
- 13 juin 2011 au Tōkyō RNA club symposium (Tōkyō, Japon) : diaporama de 15 minutes (conférencier : H. Seitz).
- 10 juin 2011 au Fifth annual Arthropod genomics symposium (Kansas City, É.-U.) : diaporama de 30 minutes (conférencier : H. Seitz).
- 2 décembre 2010 au Fifth European workshop on immune-mediated inflammatory diseases (Sitges, Espagne) : diaporama de 30 minutes (conférencier : H. Seitz).
- 19 mai 2009 au Microsymposium on small RNAs (Vienne, Autriche) : diaporama de 30 minutes (conférencier : H. Seitz).
Programmes informatiques et jeux de données
Dépôt GitHubSeitz (2024) Nucleic Acids Research 52(16):9360–9368 :
Scripts et données pour la préparation des figures.
Busseau et al. (2023) Biochimie S0300-9084(23)00145-1 :
Scripts et données pour la préparation des figures et figures supplémentaires - 56 Ko
Houbron et al. (2023) RNA Biology 20(1):272–280 :
Scripts et données pour la préparation des figures et figures supplémentaires - 7,2 Go
Mockly et al. (2022) Nucleic Acids Research 50(8):4703–4712 :
Brechin et al. (2021) RNA 27(2):151-162 :
Scripts et données intermédiaires
Hebras et al. (2020) eLife 9:e60862 :
Scripts et données intermédiaires
Richard et al. (2020) Autophagy 17(8):1889–1906 :
Scripts et données intermédiaires
Pinzón et al. (2019) PLoS Genetics 15(2):e1007915 :
- Téléchargement des protéomes prédits de Métazoaires - 3.6Go
- Recherche de candidats RdRP et re-séquençage du locus “BL09945” - 21.6Mo
- Phylogénie de la famille des “RdRP eucaryotiques” 71.8Mo
- Analyse du Small RNA-Seq de Branchiostoma lanceolatum 4.4Go
- Petits ARN issus des pathogènes avérés ou potentiels 20.2Mo
Mockly et Seitz (2019) Methods in Molecular Biology 1970:291–314 :
Scripts et données pour la préparation de la Table 1
Rodríguez-Martínez et al. (2017) Nature Structural and Molecular Biology 24(3):290–299 :
Scripts et données intermédiaires
Pinzón et al. (2017) Genome Research 27(2):234–245 :
- Comparaison de l'amplitude de la répression guidée par miR-223 à la variabilité inter-individu dans l'expression des cibles : code source et fichiers de données.
- Quantification absolue des ARNm des cellules C2C12 au cours de la différenciation : code source et fichiers de données.
- Comparaison globale de la sensibilité des gènes au dosage et de la conservation des sites d'interaction aux miARN : code source et fichiers de données.
Scripts et données pour la préparation des 6 figures :
- Figure_1.tar.bz2
- Figure_2.tar.bz2
- Figure_3.tar.bz2
- Figure_4.tar.bz2
- Figure_5.tar.bz2
- Figure_6.tar.bz2
Royo et al. (2015) PLoS Genetics 11(10):e1005461 :
Scripts et données pour la génération des figures 2D, 3B et 4A
Conversion des fichiers FCS de cytométrie en fichiers texte :
Script de conversion (usage : ./read_FCS.py input.fcs output.txt) : script python.
Tutoriels
1. Apprentissage d'Unix
- Premier cours : naviguer dans l'arborescence, manipuler les fichiers, trucs et astuces, redirection vers un fichier, grep, la combinaison de commandes (en anglais)
- Deuxième cours : l'éditeur de texte nano, écrire et exécuter des scripts, sed (en anglais)
2. Les statistiques en biologie moléculaire
- Premier cours : qu'est-ce que le t-test ? (initialement publié dans le numéro de juillet 2010 de Regard sur la Biochimie)
- Deuxième cours : limites du t-test, alternatives au t-test (initialement publié dans le numéro d'octobre 2010 de Regard sur la Biochimie)
- Diaporama du cours de 7h donné pour la formation professionnelle du CNRS (initialement donnée le 7 novembre 2022)
3. Apprentissage de R
- Premier cours : commandes de base (en anglais)
- Deuxième cours : tracer des graphiques (en anglais)
- Troisième cours : quelques tests statistiques (en anglais)
- Troisième cours : quelques analyses avancées (en anglais)
- Diaporama du cours de 14h donné pour la formation professionnelle du CNRS (initialement donnée les 8 et 9 novembre 2022)
- Diaporama du cours de 7h donné pour la formation professionnelle du CNRS (initialement donnée le 16 novembre), et fichiers de données nécessaires pour les exercices d'application
4. Vidéos de master classes
Rapports d'activité et évaluations
Contexte :
Les chercheurs CNRS doivent soumettre chaque année un compte-rendu annuel d’activité, et tous les 5 ans, un « rapport d’activité par vague » plus détaillé (avec, au milieu de cette période de 5 ans, un « rapport d’activité à mi-vague »). Suite à la fusion des régions Midi-Pyrénées et Languedoc-Roussillon, les laboratoires de Languedoc-Roussillon ont rejoint la vague des laboratoires de Midi-Pyrénées, repoussant d’une année l’évaluation par vague prévue en 2019 (elle aura lieu en 2020).
D’autre part, les laboratoires sont évalués tous les 5 à 6 ans par un jury international, rassemblé par l’HCERES (anciennement : AERES), qui publie ensuite un compte-rendu d’évaluation (en anglais).
Rapports d’activité et comptes-rendus d’évaluation de notre équipe :
Rapport d'activité à mi-vague 2022 d'Hervé Seitz (décembre 2019 – juin 2022) (en français)
Compte-rendu d’évaluation 2020 de notre équipe par l’HCERES (en anglais)
Rapport d'activité par vague 2020 d'Hervé Seitz (janvier 2014 – décembre 2019) (en français)
Rapport d’activité à mi-vague 2016 d’Hervé Seitz (janvier 2014 – septembre 2016) (en français)
Compte-rendu d’évaluation 2014 de notre équipe par l’AERES (en anglais)
Rapport d’activité par vague 2014 d’Hervé Seitz (janvier 2009 – décembre 2013) (en français)
Pour le grand public
« La technologie CRISPR/Cas9 »
(compte-rendu de la conférence donnée par Hervé Seitz au colloque « Quelles limites pour les technosciences en santé ? » à Clermont-Ferrand le 13 mars 2018, et publié dans le n°15 de la Revue du Centre Michel de l'Hospital).
Parallèle entre l'informatique et la génétique
(édition du génome, débuggage, matérialité de l'information, ...) (interview donnée dans le cadre des Tic-Talks du LIG).
Les statistiques en science expérimentale. Principe, limitations, erreurs courantes, illustrées par les rumeurs pseudo-scientifiques sur la Covid-19
(visio-conférence donnée le 13 mars 2021 sur invitation du cercle zététique du Languedoc-Roussillon ; diaporama cliquable accessible ici).
Vidéos de vulgarisation :
Questions ouvertes
La biologie moléculaire expliquée à ta grand mère
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