Les éléments transposables (ETs) sont des séquences d’ADN répétées capables de se multiplier en insérant de nouvelles copies dans le génome qu’elles parasitent. L’hôte se défend contre ces envahisseurs grâce à un phénomène d’immunité qui a été découvert très récemment et qui est très conservé dans tout le monde vivant, des bactéries aux animaux. Au cœur de ce mécanisme, le RISC (RNA-interfering silencing complex) résulte de l’association d’une des protéines de la famille Argonaute avec un petit ARN non codant qui la guide vers sa cible ARN par homologie de séquence. Le ciblage d’un ARN messager dans le cytoplasme provoque généralement sa dégradation (post-transcriptional gene silencing : PTGS) tandis qu’on observe plutôt une répression épigénétique (transcriptional gene silencing : TGS) quand un ARN naissant est ciblé par le RISC dans le noyau.
Notre groupe s’intéresse à la biogenèse et la fonction des complexes piRISC composé de piARN (Piwi-associated small RNAs) et d’une protéine Argonaute dans le modèle Drosophile. Ces piARN sont codés par des loci hétérochromatiniens appelés « piRNA clusters ».
Biogenèse et role des piARN dans les cellules germinales de Drosophile
Nous avons notamment montré que la protéine Argonaute Piwi est requise de façon transitoire pendant le développement embryonnaire pour y déposer une marque hétérochromatinienne essentielle (triméthylation de la lysine 9 de l’histone H3) qui sera ensuite maintenue pendant tout le reste du développement.
Au laboratoire, nous utilisons les dernières approches de séquençage à haut débit (small RNA-seq, RNA-seq, ChIP-seq) et de protéomique (spectrométrie de masse), combinées avec des outils de génétique et de biologie cellulaire et moléculaire (CRISPR/dCas9) afin d’étudier le rôle complexe des piRISC.
Research Director working on “Non-coding RNA, epigenetics and genome stability” Scientific Focus Areas: piRNA, chromatin, epigenetics, transposable elements, bio-informatics
Education
2011 - HDR, University of Montpellier I (France)
2002 - Ph.D. in Molecular Biology and Genetics - University of Montpellier II (France)
1998 - Master II - University of Montpellier I, (France)
Research Experience
2010-present - Group Leader (DR2) of Non-coding RNA, epigenetics and genome stability at IGH CNRS-UMR9002 (Montpellier, France).
2005-2009 - Project Leader (CR2) at IGH CNRS (Montpellier, France).
2002-2005 - Post-doctoralresearch associate at the MRC (Edinburgh, UK) in Prof. W. Bickmore lab.
1998-2002 - PhD studentship at IGH CNRS (Montpellier, France) in Dr. A. Bucheton lab.
Training activities
2 PhD students supervision: T. Grentzinger (2010 - July 2013); M. El Barouk (2013 - December 2016)
4 post-docs: Dr V. Serrano (2010-2012) ; Dr C. Varela Chavez (2014-2016) ; Dr A. Akkouche (2013-2016) ; Dr B. Barckmann (2016-2017)
4 engineers since 2010: B. Mugat, C. Brun, C. Armenise and B. Li
Master students’ lab training (1 per year since 2010)
Teaching graduate students at French and European Universities every year (Paris, Montpellier and Zurich)
Addition Scientific Activities
2017 - Co-organizer of a symposium for the 20 years of the IGH
2015 - Co-organizer International Congres of TransposableElements, Saint Malo, France
2015 - Co-organizer 29th French Drosophila Conference - Presqu’île du Ponant, France
2013 - Co-organizer of National Congres of Transposable Element”, Montpellier, France
Fellowships and awards
2016-present - Prime d’Excellence Scientifique, CNRS.
Current Grants:
2016-2017 - Partenariats Hubert Curien (PHC) PROCOPE 2017: Echange Allemagne – France.
2015-2017 - Fondation Cancer (ARC): Subvention.
2014-2017 - Fondation pour la Recherche Médicale (FRM): Programme Epigénétique « DEP20131128518 »
Previous Grants:
2013-2016 - Fondation ARC: Post-doctoral fellowship
2010-2014 - National Research Agency (ANR)
2010-2012 - Fondation pour la Recherche Médicale (FRM): Fellowship for a Bioinformatician
2009-2011 - Association pour la Recherche sur le Cancer (ARC): Subvention fixe
2009-2012 - Sequencing project by the GIS IBiSA Génoscope, Paris